Kto ma rację?

ResearchBlogging.org
Dzisiaj będzie zagadka. Tak sobie wprawdzie fascynująca, ale zawsze. Zainspirowana zresztą paroma starszymi notkami, a i pytaniami czytelników. Bo otóż wiadomo nie od dziś, że ludzie poszukują różnych informacji na tematy naukowe. Poszukują porządnie, wcale niekonieczne sugerując się jakimiś niesprawdzonymi wiadomościami, wyciągniętymi nie wiadomo skąd. Nie, ludzie czytają Pubmedy (skupmy się na nauce przyrodniczo-medycznej), zaglądają do publikacji, wczytują się wnikliwie w wyniki najnowszych badań, analizują. Ale mają wątpliwości, bo przecież wiadomo, że a to naukowiec nawet szanowany jakiś puści się poręczy, a to czasopismo wielce uznane opublikuje coś, co nie bardzo spełnia standardy, wreszcie – prace naukowe czasem sobie przeczą. Kogo wtedy słuchać, komu wierzyć? W dodatku czytelnik taki narzeka, że brakuje mu słownictwa, więc naprawdę trudno mu stwierdzić, czy to, co czyta, ma w istocie sens, czy wprost przeciwnie. Z trzeciej strony, doniesienia prasowe, które w teorii mają za zadanie przetłumaczyć wszystko z polskiego na nasze, też czasem szwankują (a bywa, że słowo szwankują jest nadmiernie uprzejmym określeniem).

Częściowo kryteria oceny publikacji naukowych, ich rzetelności i wiarygodności, można ustalić. Wiadomo, że wyniki, nad którymi się zastanawiamy, powinny być opublikowane jako recenzowana publikacja naukowa, a nie jakieś swobodne opowieści z mchu i paproci. Opublikowane w dobrym czasopiśmie (więc na przykład impact factor, IF, się kłania). To jest ten pierwszy próg.

Następnie – jeśli już zagląda się do oryginału, a nie do opisu w gazecie codziennej, który może spokojnie przeinaczyć dane tak, że ich sam autor nie pozna – warto zwrócić uwagę, jak dane badania zostały zrobione. Ten drugi próg wymaga nieco więcej, niż znajomości słownictwa czy odczytania IF. Bo owszem, uwagę można zwrócić na takie terminy jak statystyka, próby kontrolne, ślepe próby, placebo, i tym podobne. I bardzo słusznie. Ale powinno się także sprawdzić, w jaki sposób badacze dobrali grupy do doświadczeń; jakie dokładnie testy statystyczne zastosowali; czy te testy tak naprawdę miały sens w kontekście dobrania do hipotezy oraz do próby badanej; czego użyli, czyli jakie dokładnie metody zastosowali technicznie; czy metody te uznane są przez inne zespoły pracujące w tej samej dziedzinie; czy kontrole faktycznie kontrolowały doświadczenia/testy; co tak naprawdę porównali ze sobą; jak ich wyniki mają się do poprzednich badań w dziedzinie, i tak dalej, i tak dalej.

Bo na przykład czasem naukowcom potrafi wyjść coś tak pięknego, jak słynne fMRI w mózgu martwego łososia, i wszyscy mają bardzo fajny geekowo-naukowy ubaw (a przede wszystkim autorzy, których to było celem). Tak w zasadzie, to na każdym małym pólku, uprawianym przez konkretne laboratoria, kryteriów takich można znaleźć sporo, i to różnych, choć wiele z nich jest podobnych i/lub wspólnych. W teorii takie pytania jak wyżej, w razie wątpliwości, powinni zadać recenzenci pracy, oraz zażądać wyjaśnień i ewentualnych poprawek. Ale ludzie są ludźmi, a rzeczywistość czasem skrzeczy.

I tu zagadka. Otóż pojawiły się dwie publikacje, nie bardzo dawno temu, prawie równocześnie (jedna w 2009, druga w 2010 roku). Nie dotyczą one jakichś ekscytujacych zagadnień, typu: czy kobiety sa głupsze od mężczyzn, albo czy bufor kakodylowy pity na czczo usuwa z organizmu AIDS oraz schizofrenię, albo czy homeopatia jest taka głupia, na jaką wygląda, czy może jednak głupsza. Nie, żeby nie budzić nadmiernego podniecenia, skupmy się na dwu cichych i nikomu niewadzących artykułach na temat jednego niezbyt ważnego na pierwszy rzut oka białka wirusowego. Białko to lubi siedzieć sobie w strukturach błonowych komórki, a naukowcy postawili sobie za cel sprawdzić, w jaki sposób białko to jest zlokalizowane w błonie i po której stronie błony znajdują się jego końce. Fascynujące, nieprawdaż.

Obie prace opublikowano w czasopismach cenionych w dziedzinie (jedno ma, owszem, wyższy IF i jest uważane za lepsze, ale i to drugie nie jest złe). Badaniami zajmowały się niezłe zespoły, jeden od dawna uznany w środowisku, drugi raczej nowy, ale za to nie była to jego pierwsza publikacja na ten temat. I obie te publikacje pokazują coś przeciwnego. Jedna, że badane białko siedzi sobie w błonie retikulum endoplazmatycznego, w błonie komórkowej go nie wykrywano, a jego C-koniec wyłazi do cytoplazmy, co zresztą warunkuje pewne biologiczne właściwości tegoż białka. Drugi natomiast zespół twierdzi, że to samo białko znajduje się w błonie komórkowej komórki, jego C-koniec wystaje na zewnątrz, i to wszystko również wpływa na jego biologiczne cechy/aktywność.

Kto ma rację? Jeśli kogoś to przypadkiem interesuje, to analizując ten przypadek powinno się zwrócić uwagę między innymi na: rodzaj komórek używanych w doświadczeniach i co te komórki sobą reprezentują; rodzaj i ograniczenia związane z zastosowanymi przeciwciałami; metody, jakich jeden zespół użył do przetestowania hipotez stawianych przez zespół drugi (bo artykuł z 2010 roku ukazał się na tyle później, że badacze byli w stanie zweryfikować, przynajmniej częściowo, wyniki drugiego zespołu); co oznacza zastosowanie adenowirusów, i jak to się może mieć do zastosowania bakulowirusów, których akurat żadna z opisywanych grup badaczy nie używała w omawianych badaniach (w tym celu można na przykład zajrzeć do pewnej pracy z 1989 roku, znajdującej się w spisie literatury); a także jak wyglądają wyniki innych poprzednio opublikowanych doświadczeń, które przynajmniej zahaczały (jeśli nie mówiły wprost) o tych samych zagadnieniach.

Kto ma rację więc? Nie żeby to było kwestią o zasadniczym znaczeniu dla czegokolwiek i kogokolwiek. Ale warto uzmysłowić sobie, że takich sprzecznych artykułów naukowych może być i jest bardzo bardzo wiele. W każdej, jak sądzę, dziedzinie nauki. Life is brutal, nikt nie obiecywał, że będzie łatwo.

Jakby ktoś sobie jednak przypadkiem życzył, omawianymi artykułami dysponuję:
1. Hu, L., & Ceresa, B. (2009). Characterization of the plasma membrane localization and orientation of HPV16 E5 for cell–cell fusion Virology, 393 (1), 135-143 DOI: 10.1016/j.virol.2009.07.034
2. Krawczyk, E., Suprynowicz, F., Sudarshan, S., & Schlegel, R. (2010). Membrane Orientation of the Human Papillomavirus Type 16 E5 Oncoprotein Journal of Virology, 84 (4), 1696-1703 DOI: 10.1128/JVI.01968-09

14 uwag do wpisu “Kto ma rację?

  1. Podobno „prawda leży pośrodku” czyli pomienione białko powinno być białkiem cytoplazmatycznym a C-koniec być zakotwiczony do błony komórkowej. Gdyby istniała „wirusologia ludowa” na kształt „genetyki ludowej” (omawianej w Archeowieściach) już jej „badacze” powinni taka tezę wysunąć.

    P.S. Chińscy hakerzy poczuli się obrażeni próbą spostponowania Lulin Hu i coś zepsuli w kreatorze cytatów Research Blogging, bo linki się nie otwierają.

  2. globalnysmietnik: wykonalne! (dodawszy, oczywiście, że wciąż chodzi nam o C-koniec na zewnątrz komórki?) – o ile rzeczona komórka jest butelką Kleina ;)

  3. @Świetna notka, brakuje mi często w internetowych dyskusjach sceptycznego pronaukowego nie scjentystycznego głosu

  4. @ Fronesis
    Dzięki <3

    @Globalnysmietnik

    Chińscy hakerzy poczuli się obrażeni próbą spostponowania Lulin Hu i coś zepsuli w kreatorze cytatów Research Blogging, bo linki się nie otwierają.

    No właśnie jakoś nie chcieli współpracować. Ale udało się.

  5. @ Migg
    Dzięki <3.
    I dzięki za to czasopismo z łososiem. Słyszałam, że starali się o publikację, ale nikt nie miał ochoty im tego przyjąć. Jak widać, w końcu znaleźli taki wesoły dżurnal :). Ale analizę oczywiście uznano, a nawet poster był cytowany w jakiejś przeglądówce (może to było zanim przyjęto im ten artykuł do Journal of Serendipitous and Unexpected Results).

  6. O tak, z mojej krótkiej przygody naukowej znam do doskonale. Nawet raz jedna pani bardzo śmiało na wykładzie wystąpiła z takimi rewelacjami – zachęcała nas do żywności ekologicznej i przytaczała badania, w których raz to wykazywano niebagatelny wzrost substancji bioaktywnych w roślinach z upraw ekologicznych (sama przyznasz, że 3% więcej beta-karotenu w marchwi to jak niebo i ziemia – opalać się już nie trzeba!), raz to nie wykrywano różnicy, a razem innym z kolei było ich mniej niż w roślinach z upraw konwencjonalnych. Ja wyniosłem z tego tyle: skoro w marchwi eko może być 3% więcej beta-karotenu, to stanowi to wytłumaczenie, dlaczego jest ona 3-krotnie droższa.

    W omawianym przez Ciebie przypadku konkluzja jest na pewno bardziej skomplikowana. Ja bym zaryzykował, że chodzi o to, że to białko jest w różnych miejscach i jego C-koniec wystaje w różne strony, bo jest mu już wszystko jedno, wszak koniec świata się zbliża (jedna wersja mówi coś o październiku czy listopadzie, ale warto u świadków Jehowy się upewnić).

  7. @ Sykofanta

    Tak, ja myślę, że generalnie i białku i naukowcom jest już wszystko jedno, w związku z końcem świata. A upewnić się powinno u tych i u owych, skoro każden jeden mówi co innego.

  8. Ze swojej socjologiczno-filologicznej strony mogę powiedzieć, że w naukach humanistycznych i społecznych jest bardzo podobnie. Tyle że w „naszym” przypadku osoby z zewnątrz też zdają sobie sprawę z pewnej sprzeczności wyników i często uważają to za dowód na nienaukowość tychże nauk w przeciwieństwie do jakże jednoznacznych (w powszechnym mniemaniu) danych dostarczanych przez dajmy na to medycynę. ;)

  9. @ Lucyferka
    Dziękuję :)

    @ Lenistwo
    Tak myślałam. No i poza tym widać, jak te dane medyczne są jednoznaczne :P. A poważniej – to, jak we wszystkim, trzeba po prostu orientować się w danej dziedzinie, żeby umieć rozsądzić. A jeśli się nie umie, to podpytać tych, którzy się znają.

  10. Ciekawe czy ten C-koniec już się zdecydował… i tak się zgubiłam

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Log Out / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Log Out / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Log Out / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Log Out / Zmień )

Connecting to %s